La Casa de Colón, presenta una estructura compleja, donde las diversas dependencias se articulan en torno a cuatro patios. Los patios del inmueble pertenecen a periodos y estéticas diversas, plegados al discurso arquitectónico del Neocanario de mediados del siglo XX. En esta edificación, lo nuevo se mezcla con lo antiguo y la recreación con los originales procedentes de otros edificios derruidos, formulaciones que ponen de manifiesto la búsqueda de un lenguaje plástico propio.

Patio de Armas

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Patio del Pozo

El brocal de pozo gótico situado en el centro del patio, le da el nombre a este espacio, cuyas galerías, en forma de herradura, circundan tres de sus cuatro paredes.

En alzado el patio presenta sendas galerías en dos alturas. Destaca la primera planta por albergar una arquería renacentista, procedente del desaparecido convento de Santo Domingo. En origen, el espacio del patio era el solar trasero de una de las viviendas que tenía un pozo para el abastecimiento de la casa.
La unión de este inmueble con el colindante, propició la reubicación de la arquería de Santo Domingo, convento que a finales del siglo XVI había sido destruido por un ataque pirático. A fin de concluir el espacio y crear una conexión entre ambos edificios, Néstor Álamo y Santiago Santana, diseñaron una gran portada siguiendo estéticas vinculadas al gótico.

Patio de la Universidad

Es creado a finales de la década de 1950, con la función de unir dos inmuebles. Su estructura en planta es de tres galerías en forma de herradura, presentando dos plantas en alzado. La galería de la primera planta se alza sobre columnas realizadas en piedra de las canteras del municipio de Arucas. La segunda planta, realizada en madera de riga antigua, consta de balaustrada con pasamanos, columnas con zapatas y vigas que sostienen las cubiertas de tejas.

Su nombre se debe a que las estancias que se abren a este patio, fueron la sede de la desaparecida Universidad Internacional Pérez Galdós. Constituida en 1962 se mantuvo hasta la creación de la Universidad de Las Palmas de Gran Canaria en 1989.

Alrededor de este patio se ubican diversos espacios destinados a actividades temporales como el salón de actos y salas polivalentes.

Patio de los Hidalgo

Es posiblemente uno de los espacios menos alterados del inmueble. Se trata de un patio intimista de reducidas dimensiones que en planta presenta una estructura en "L" y en alzado tiene dos plantas. Está enteramente realizado en tea de pino canario, endemismo del Archipiélago actualmente protegido. Se trata de una madera muy resinosa, apreciada tanto por su belleza como por su calidad y dureza.

Este patio creado en el siglo XVIII, parte de la vivienda del escribano Pablo Machado, se completa con una escalera que da acceso a la segunda planta, en ella las columnas que definen la galería presentan la peculiaridad de su forma helicoidal, también conocidas como columnas salomónicas.