​En la Cripta del museo se encuentra el fondo de material arqueológico precolombino de la Casa de Colón, donde podemos apreciar la gran variedad cultural de América. Paneles informativos sobre poblamiento americano, áreas culturales y pueblos de la América precolombina, así como material etnográfico contemporáneo.

La colección de arqueología precolombina se agrupa geográficamente en torno a las culturas radicadas en el área suramericana, principalmente Ecuador en la costa del oceano Pacífico, así como un grupo de culturas del área mesoamericana, fundamentalmente de México, Guatemala, Honduras y Nicaragua.

El museo dispone de un significativo grupo de piezas cerámicas, de la cultura Tolita, cuyos principales yacimientos arqueológicos se encuentran en la isla Tolita (Ecuador). Este heterogénea sección esta integrada por tres grupos principales; figurillas, zoomorfas y antropomorfas; sellos de divetrsa tipología formal y por último, objetos propios del ajuar funerario.

Procedente tambien de la misma área geográfica, el Museo posee cerámica de las culturas Bahía, Jama-Coaque y Atacames.

Del área mesoamericana está representada por las culturas Olmeca, Teotihuacan, Colima, Zapoteca, Totonaca y Maya. Entre las piezas expuestas se encuentra una colección de copias del Museo Nacional de Antropología de México.

Por último, mencionar la donación de la colección de Manuel Solá, integrada por casi una treintena de objetos de diversa filiación cultural y cronológica,. Entre ellas destacan las piezas de las culturas Valdivia, Milagros Quevedo, Chorrera, Bahía o Chancai.

La sala se completa con una muestra de artesanía de las diversas culturas, actuales del ärea amazónica.